عملاً بأحكام الوثيقة الدستورية للفترة الانتقالية لعام 2019م، وبناءً على توصية وزير العدل، أصدر رئيس مجلس الوزراء د. عبد الله حمدوك يوم الخميس الموافق 20 يناير 2021 قرار انشاء الآلية الوطنية لحقوق الانسان.
ونص القرار على انشاء الآلية وتكوينها بحيث تكون برئاسة وزير العدل بالإضافة إلى ثمانية عشر عضواً ممثلين عن كل من المجلس القومي للأشخاص ذوي الإعاقة، والمجلس القومي لرعاية الطفولة، والجهاز المركزي للإحصاء، ووحدة مكافحة العنف ضد المرأة، وممثل عن كل من النيابة العامة والسلطة القضائية، بالإضافة لممثلين عن الوزارات ذات الصلة: الداخلية، الخارجية، المالية والتخطيط الاقتصادي، الصحة، التربية والتعليم، العمل والتنمية الاجتماعية، الشباب والرياضة، الثقافة والإعلام، ووزارة الشؤون الدينية والأوقاف، ومشاركة ممثل عن المفوضية القومية لحقوق الإنسان بصفة استشارية.
تهدُف الآلية للتنسيق بين مختلف الأطراف الوطنية لإعداد التقارير والردود التي يقدمها السودان للآليات الدولية والاقليمية في مجال حقوق الانسان ومناقشة تلك التقارير لدى هذه الآليات ومتابعة الملاحظات والتوصيات الصادرة عنها، بالتعاون مع السلطتين التشريعية والقضائية.
ومن أهم مهام الآلية اشراك مكونات المجتمع المدني الناشطة في مجال حقوق الانسان وعقد مشاورات عامة أو اجتماعات موضوعية أو ورش عمل مع الحرص على تمثيل المرأة والشباب وذوي الاحتياجات الخاصة والنازحين واللاجئين والمجتمع المدني عند إعدادها للتقارير الدورية للسودان في مجال حقوق الإنسان.
ونص القرار على أن تؤول جميع أصول وممتلكات المجلس الاستشاري لحقوق الانسان للآلية الوطنية لحقوق الانسان نسبةً لأن قرار انشاء الآلية يُلغي القرار الجمهوري رقم 97 لسنة 1994م والذي قضى بتشكيل المجلس الاستشاري لحقوق الانسان.